土地政策隨著中原人口的大批南下，不僅使南朝增加了勞動力，而且?guī)砹讼冗M(jìn)的生產(chǎn)技術(shù)，為南方的進(jìn)一步開發(fā)提供了有利的條件。南朝政府對北來的流民起初采取僑立州郡的政策，后來，東晉和南朝政府為了擴(kuò)大剝削對象，改行土斷政策。所謂土斷，就是撤銷僑州郡縣和僑籍，讓僑戶和土著居民一起在當(dāng)?shù)刂⑶彝瑯迂?fù)擔(dān)國家的賦役。自東晉到陳朝時期，共進(jìn)行九次土斷。其中，364年桓溫進(jìn)行的“庚戌土斷”和413年劉裕進(jìn)行的“義熙土斷”，成效最為顯著。土斷后，南朝境內(nèi)的僑寓政府便陸續(xù)消失了。
農(nóng)業(yè)發(fā)展東晉、南朝時期，南方的農(nóng)業(yè)普遍有所發(fā)展。比較突出的地區(qū)，是長江中、下游的荊、揚(yáng)二州。揚(yáng)州是東晉、南朝經(jīng)濟(jì)最發(fā)達(dá)的地區(qū) 。其中都城建康及其周圍地區(qū)發(fā)展很快。東晉在曲阿(江蘇丹陽)立新豐塘，溉田八百多頃。宋在湖熟起廢田四千多頃。宋向京口、姑熟移民，齊在句容修赤山塘。揚(yáng)州“地廣野豐，民勤本業(yè)，一歲或稔，則數(shù)郡忘饑”。三吳(吳郡、吳興、會稽)是東晉政府最重要的基地，經(jīng)濟(jì)發(fā)展尤為突出。東晉在吳興烏程(浙江湖州)筑荻塘，溉田千頃。宋在烏程修吳興塘，溉田二千余頃;又在會稽一帶開墾湖田，“皆成良業(yè)”。東晉、南朝政府的各種支出，主要依靠三吳。洞庭湖周圍的荊、湘地區(qū)發(fā)展也很快 。梁罷義陽(河南信陽)鎮(zhèn)兵以后，“江湖諸州并得休息，開田六千頃。二年之后，倉廩充實(shí)”。與浙江相鄰的閩中、鄱陽湖周圍地區(qū)，也有較快的發(fā)展。此外，淮南地區(qū)，土地肥沃，流民集中。壽春附近有芍陂灌溉農(nóng)田，地方千里，“良疇萬頃”，是重要糧食產(chǎn)地。江南地區(qū)普遍實(shí)行麥稻兼作，嶺南種雙季稻。元嘉以前，淮南是經(jīng)濟(jì)發(fā)達(dá)的地區(qū)。元嘉末，由于宋魏戰(zhàn)爭，淮南遭到破壞。經(jīng)過齊、梁二代的經(jīng)營，江淮間一些地區(qū)的生產(chǎn)也迅速恢復(fù)、發(fā)展。益州則號稱“沃野天府”，物產(chǎn)豐富。廣州也是富庶的經(jīng)濟(jì)地區(qū)。
士族田莊在南方經(jīng)濟(jì)的發(fā)展中，南、北士族地主都采取田莊形式進(jìn)行生產(chǎn)。其中北方士族南遷時，都帶來大量部曲和佃客，唯一缺乏的是田地。因此，他們到處“求田問舍”，不擇手段地謀取土地。如刁逵在京口一帶掠奪土地達(dá)萬頃。與此同時，南方士族地主也進(jìn)一步擴(kuò)張自己的經(jīng)濟(jì)力量。士族地主在他們占領(lǐng)的平原和山澤上建立田莊，當(dāng)時稱為“墅”或“園”。如會稽士族孔靈符在永興建墅，“周圍三十三里，水陸地二百六十五頃，含帶二山，又有果園九處”。謝靈運(yùn)在始寧的墅有南北二山，山上有五個果園，沿水渠兩岸有大批良田。農(nóng)業(yè)在士族田莊經(jīng)濟(jì)中占主導(dǎo)的地位。田莊中有大量的耕地，又有河湖水渠等水利灌溉系統(tǒng)。在耕地上種有稻、麥、粟、桑、麻、蔬菜等作物。僅次于農(nóng)業(yè)的是園林業(yè)，經(jīng)營竹木果樹等。此外，還有養(yǎng)魚業(yè)和畜牧業(yè)，并從事紡織、釀造、制造生產(chǎn)工具等多種手工業(yè)生產(chǎn)。由于從事多種經(jīng)營，使士族地主田莊具有自給自足的性質(zhì)。田莊里的生產(chǎn)者，主要是佃客、部曲和奴隸。士族地主對他們的剝削和壓迫是殘酷的。但它把大量勞動人手組織起來，在山區(qū)水濱進(jìn)行墾植，特別是在東晉和南朝前期，士族地主還關(guān)心生產(chǎn)的時候，地主田莊對江南地區(qū)的開發(fā)是起一定的積極作用。以后，由于門閥土族日益腐朽，田莊也就成了束縛生產(chǎn)力發(fā)展的障礙。
手工行業(yè)東晉南朝時期，紡織業(yè)比較發(fā)達(dá)，養(yǎng)蠶技術(shù)已經(jīng)相當(dāng)可觀，豫章等地一年蠶四、五熟，永嘉等地一年八熟。絲、綿、絹、布等是南朝調(diào)稅的主要項(xiàng)目，因此紡織是民間普遍的副業(yè)。其中荊、揚(yáng)二州的紡織業(yè)尤為發(fā)達(dá)。錦業(yè)在益州也早負(fù)盛名。劉裕滅后秦，把關(guān)中的織錦戶遷到江南。南朝后期，織錦業(yè)也發(fā)達(dá)起來。富豪人家穿繡裙，著錦履，以彩帛作雜花，綾作服飾，錦作屏障。南朝時，政府都設(shè)有專官管理礦冶。建康尚方有東、西二冶(宋、齊時有南冶，后廢)，州、郡有礦冶的設(shè)冶令。另外還有不少私家冶鋪?zhàn)鞣弧Ｔ谝辫T技術(shù)上，用水排鼓風(fēng)冶鑄已在南朝應(yīng)用。煉鋼技術(shù)也有很大進(jìn)步。那時還發(fā)明一種雜煉生鐵和熟鐵的灌鋼法，即把生熟鐵混雜起來冶煉，火候到時，生鐵先熔化，滲淋入熟鐵中，然后取出反復(fù)鍛煉，就成為優(yōu)質(zhì)鋼，用來制造寶劍和刀、鐮。到三國、西晉時，瓷器的燒制已經(jīng)達(dá)到成熟階段，東晉、南朝時又有新的發(fā)展。當(dāng)時瓷器的代表性產(chǎn)品是一種通體青釉的青瓷，產(chǎn)地比較集中的是會稽郡(浙江紹興)一帶。青瓷胎質(zhì)純，硬度高，釉料勻，通體青瑩，造型多樣美觀。考古發(fā)掘，江南許多地區(qū)的制瓷技術(shù)逐漸成名，并各有自己的特點(diǎn)。造船業(yè)在東吳的基礎(chǔ)上又有較大的發(fā)展。運(yùn)輸、作戰(zhàn)用的艦船只很多，往來于東海、南海和內(nèi)地河道的船只頻繁，大者可載重二萬斛。造紙業(yè)有了新的發(fā)展。壓光和染色是這一時期造紙技術(shù)的新成就。當(dāng)時紙的名目很多，其中用藤皮造的藤角紙是一種質(zhì)地優(yōu)良的紙張 。造紙業(yè)的發(fā)達(dá)對當(dāng)時文化的發(fā)展起了積極的作用。
商業(yè)發(fā)展農(nóng)業(yè)和手工業(yè)的發(fā)展，加上江南河流縱橫，水上交通方便，為商業(yè)發(fā)達(dá)提供了基礎(chǔ)和有利條件。士族豪強(qiáng)兼并土地，官府賦稅徭役繁重，許多中小地主和農(nóng)民被迫從事商販活動。貴族官僚有免關(guān)津稅特權(quán)，在任期屆滿時帶著大批貨物作為“還資”，然后轉(zhuǎn)販各地。官府征收租調(diào)要農(nóng)民折錢交納，農(nóng)民被迫出賣自己僅有的農(nóng)副產(chǎn)品。因此，南朝出現(xiàn)商業(yè)畸形發(fā)展的現(xiàn)象。當(dāng)時南方的重要城市有建康、江陵、成都、番禺(廣州)等地。建康是東晉南朝的政治中心，也是長江下游的經(jīng)濟(jì)中心。這里“貢使商旅，方舟萬計”。蕭梁時期，建康城內(nèi)有居民28萬。城內(nèi)有四個市，秦淮河北有大市和小市十余處。會稽、吳郡、余杭等地也是“商賈并湊”。番禺是海外貿(mào)易中心，南洋各國，以及天竺、獅子國(斯里蘭卡)、波斯(伊朗)等國的商船，“每歲數(shù)至”，或“歲十余至”。江陵“當(dāng)雍、岷、交、梁之會”，商業(yè)也較發(fā)達(dá)。成都不僅商業(yè)繁盛，而且也是高級絲織品的重要產(chǎn)地。市場上既有奢侈品，也有普通的生產(chǎn)、生活用品。商賈小者坐販于列肆，大者轉(zhuǎn)運(yùn)于四方。商稅是南朝收入的大宗。東晉、南朝都注意貨幣鑄造，但幣制混亂，數(shù)量不足。
自耕農(nóng)民自耕農(nóng)是當(dāng)時農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的重要力量，是封建政府榨取的主要對象。他們對政府的負(fù)擔(dān)有租調(diào)、雜稅、徭役三大項(xiàng)。宋、齊時的田租大概沿襲東晉后期的制度，即口稅米五石。戶調(diào)剝削，在宋孝武帝規(guī)定：“天下民戶，歲輸布四匹”，歲輸布四匹，只是每戶農(nóng)民應(yīng)納戶調(diào)的平均數(shù)目，征收時仍采取“九品相通”的辦法，即事先評出戶產(chǎn)，定出戶等，然后再依照戶等的高低分派。在戰(zhàn)爭時期，一般農(nóng)民也有兵役負(fù)擔(dān)，各種徭役更是隨意征發(fā)。于是，許多自耕農(nóng)破產(chǎn)流亡，越來越多地淪為士族田莊里的部曲和佃客。