董卓在朝野內外廣布親信，穿著類似天子的服飾和用車，并號召三臺、尚書以下官員繞過朝廷到他家中開會。當董卓與這些官員意見產生分歧時，即被當場殺死，引起朝野不滿。司徒王允使用反間計，成功地挑撥董卓的大將呂布殺死了董卓。根據史書記載，董卓身軀肥胖，棄尸后，被陳列示眾。士兵把燈芯插入董卓的肚臍眼中點燃作為照明，持續了數天。蘇軾以此事寫了詩《郿塢》來嘲笑董卓的結局。董卓的余黨李傕和郭汜帶兵進城，殺死王允，并掌控了朝廷大權。李傕等人把董卓的骨灰收集到同一個棺材里，進行殮葬。在殮葬當天，遭遇了大風大雨，雷電正好劈中棺木，水流進入墓穴里，漂浮著董卓的棺木。

　　董卓此時將長安都交付王允管理，王允亦假意奉承。董卓亦因此將王允推心置腹，不作懷疑，王允于是能在此亂局中扶持王室，亦受朝臣倚仗。但王允同時亦秘密地與司隸校尉黃琬、尚書鄭泰等謀誅董卓，于是上表請楊瓚和士孫瑞從武關出兵攻伐袁術，實質是為討伐董卓。但因董卓懷疑不許而令圖謀失敗，王允唯留二人在朝。

　　初平二年(191年)，董卓到長安，自為太師，賜王允二千食邑。初平三年(192年)，王允與士孫瑞和楊瓚等人再圖謀誅除董卓，于是乘著一次董卓因小事不滿呂布而用手戟向他投擲以及呂布與婢女私通而不自安的機會，離間呂布和董卓，并告知他們的圖謀，終令呂布參與，作為內應。最終，王允乘漢獻帝病愈，董卓入朝拜賀的機會，讓呂布成功刺殺董卓，并誅董卓三族，主簿田景也被殺。當時長安士民都爭相慶祝。