大明立國之初，朱元璋認識到天下是由將士們一刀一槍奪取來的，因此賦予武將更高的地位，優先于文官。這種做法包括以下具體措施：
1、上朝時，武將站立在朝堂的右側，文官站立在朝堂的左側(明代以右為尊);
2、朱元璋規定五軍都督府(明代洪武至正統時期的軍事中樞)的都督們為正一品，高于六部尚書的正二品;
3、都指揮使與布政使雖然同為封疆大吏，但是都指揮使的品級要高于布政使。
國朝建置之初，一切右武。如五軍都督，官高六部尚書一階;在外都司衛所，比布政司州官亦然。——明代陸容《菽園雜記》
此后直至正統時期，武將的地位都要高于文官，以至于正統十三年出現了大寧都指揮僉事李暠僅僅因為祁州知州李玉不避道就將其杖責的事情。
正統十三年，大寧都指揮僉事李暠，道遇祁州知州李玉不避道，杖之，其時都司之橫如此。——《萬歷野獲編·補遺》
景泰時期，由于武將在土木堡之變中損失慘重和文官于謙在京師保衛戰中打退了瓦剌的大軍，武將的地位開始降低，文官的地位開始提高。這種情況下，發生了大同巡撫年富越職干涉大同總兵郭登處理軍務一事。
當時，一位隸屬于大同鎮的老卒因營伍之事而產生了糾紛，此事屬于軍務，理應由大同總兵郭登審理，但是巡撫大同副都御使年富卻非要由自己主審。
事后，郭登將年富這種明顯的越職行為上報給了明代宗，明代宗又將此事交給了兵部尚書于謙處理。同為文官的于謙在明知年富越職在先的情況下，不僅沒有處罰年富，反而還以“妄言撓軍”的罪名誅殺了這個老卒。
時大同一老卒訟，定襄伯郭登承敕命掛印總兵，而副都御史年富倚風憲并坐專號令，為越職不法。下尚書少保謙糾。謙言朝廷酌古今之宜，用文職大臣充提督，自總戎而下咸聽節制，號令賞罰便宜。行都御史為朝廷風紀之司，于侯伯無屬，坐總兵官左，固當。且卒安得言，而妄言撓軍，當誅，詔卒誅。——《明書·邊防志》
年富越職之事雖然不是什么大事，但是對于明代的武將、文官地位而言卻是一件相當重要的大事，因為它標志著巡撫的地位已經高于總兵。
以巡撫地位高于總兵為突破口，明代的文官在之后的天順、成化、弘治、嘉靖時期相繼通過削弱五軍都督府的權力、以巡撫和總督作為朝廷派駐地方的最高軍政長官等方式掌控了軍政大權。這樣，大明文官地位過高、武將地位過低的新局面形成了。
至萬歷時期，武將在文官面前多以極為謙卑的字眼形容自己，比如說浙江的一位牛姓副總兵在寫給文張永嘉的信中居然自稱“走狗爬見”，不僅如此，威震天下的寧遠伯李成梁和抗倭名將戚繼光在寫給當朝首輔張居正的信中竟然會以“門下沐恩小的某萬叩頭跪稟”為開頭。
這說明，在文官地位過高、武將地位過低的基礎上，大明武將與文官之間平等的關系被徹底打破，取而代之的是武將對文官的依附。
至此，依附于文官的武將為了使這種關系更加穩固，不得不通過向文官送重禮、豢養大量家丁等方式，而送重禮、豢養大量家丁所需要的銀兩都得由武將自己解決。
武將為了獲取足夠的銀兩，只能不斷的兼并軍屯田地、吃空餉，這些又會導致士卒生活困頓、士氣低迷等問題，所以，武將地位過低、文官地位過高必然會給大明結出一枚苦果。
一萬額兵，止有六千，以四千為交際、自給、養家丁之用。沿襲既久，惟仗家丁以護遁、冒功，而視彼六千為棄物。棄物多而家丁少，終不能御敵。——《增訂晚明史籍考》
這枚苦果在歷史上被稱為哱拜之亂，其起因是寧夏副總兵哱拜越過寧夏巡撫黨馨向經略鄭洛自薦領兵抵御火落赤部對青海的入侵，根據《明通鑒》中的記載，哱拜此舉并非是為了私利，而是擔心黨馨所派的土文秀不能獨當一面，所以才會向鄭洛請求領兵抵御火落赤部。
會經略鄭洛檄夏鎮調發，巡撫黨馨奉檄遣文秀率千騎西援，拜驚曰“文秀雖經戰陣，恐不能獨將。”乃詣洛轅門，愿以所部三千人與子承恩從征。洛壯而許之。馨惡其自薦，馬羸者不與易，有余馬亦不給拜，拜怏怏去。——《明通鑒》
按理說，哱拜的自薦完全是為了戰爭的勝利，理應受到嘉獎，但是在當時文官地位過高、武將地位過低的情況下，哱拜越過寧夏巡撫黨馨向經略鄭洛自薦的做法就得罪了黨馨。這種情況下，如果黨馨不找機會修理一下哱拜，那么就很難在習慣了地位高高在上的文官中生存下去，所以，黨馨就打算在哱拜吃空餉這個問題上做做文章。
黨馨此舉并沒有讓哱拜感到慌亂，他認為武將吃空餉在當時的大明已經是常態，之前的歷任巡撫對此都是睜一只眼閉一只眼，之所以黨馨會如此，主要是因為自己同黨馨的依附關系并沒有建立起來，所以，只要自己的兩千家丁還在，只要自己備下重禮送給黨馨，黨馨就不會繼續追究下去。
恰巧此時，黨馨向哱拜索要樹瓜種子，哱拜連忙派人送去，可是黨馨卻直接將送種子之人杖殺。面對黨馨的這種行為，哱拜不僅不怒，反而還推測黨馨此舉是為了索取禮金，所以，為了同黨馨建立依附關系，他立即派自己的兒子哱承恩帶上金銀獻給黨馨，結果黨馨竟然在將哱承恩杖責后又囚禁了起來。
這下，哱拜就是傻子也該明白黨馨就是在故意找事，并且黨馨杖殺送種子之人、囚禁哱承恩的舉動也表明了他誓要對哱拜吃空餉之事追查到底。這種情況下，哱拜終于忍無可忍了，所以他就派兒子哱承恩聯系了一些對黨馨不滿的士卒準備發動叛亂。
在哱拜、哱承恩以及那些對黨馨不滿的士卒的誤導下，寧夏鎮的士卒們普遍認為生活困頓全因黨馨停發餉銀所致，所以，萬歷二十年二月十八日，寧夏鎮的士卒們在向黨馨討要軍餉未果后，即在哱拜和哱承恩的率領下發動叛亂。
哱拜之亂發生后，由于哱拜靠著吃空餉豢養的兩千家丁戰力相當強悍，也由于寧夏鎮其它衛所士卒因武將吃空餉所導致的士氣低迷，所以哱拜很快就占領了寧夏及寧夏附近地區。
至萬歷二十年十月，歷經近八個月的苦戰，哱拜之亂才被李如松率軍平定。
雖然哱拜之亂最終被平定了，但在平定叛亂的過程中，大明先后花費了二百多萬兩軍餉，使得朝廷財政背上了沉重的負擔，同時叛亂還極大地削弱了寧夏鎮的防御功能，給大明的九邊防御體系造成了重大地打擊。所以，哱拜之亂就是大明文官地位過高、武將地位過低所結出的一枚苦果。