后因?yàn)樗慕?jīng)歷與收獲，使他獲取了很大的榮譽(yù)。于是他決定進(jìn)行一次更大規(guī)模的考察活動(dòng)，目的地仍是敦煌，主要是為了更多更好地揭取壁畫(huà)和搬走彩塑。于是著手組建第二次考察團(tuán)，考察團(tuán)成員由6人組成：華爾納、杰恩、丹尼爾·湯普森(負(fù)責(zé)剝離壁畫(huà))、阿蘭·普列斯特、霍拉斯·史汀生(負(fù)責(zé)測(cè)繪)、查理德·斯達(dá)爾(負(fù)責(zé)攝影)，組成了一個(gè)相當(dāng)專業(yè)的名為考察團(tuán)的偷盜團(tuán)伙，主要是針對(duì)莫高窟285窟，準(zhǔn)備將此洞窟全部搬到美國(guó)。

由于華爾納第二次考察還有一個(gè)任務(wù)，就是在中國(guó)尋找一所與哈佛大學(xué)合作共同研究中國(guó)文化的學(xué)校，選中了北京大學(xué)，雖然這種合作由于中國(guó)人民的反帝高潮和排外情緒而擱淺，但是北京大學(xué)的陳萬(wàn)里先生作為中國(guó)專家隨隊(duì)西行。陳先生的西行雖然表面上是為考察隊(duì)解決一些古文和語(yǔ)言困難，實(shí)際上主要是阻止華爾納盜劫我國(guó)文物，給考察團(tuán)活動(dòng)帶來(lái)極大的不便，有效地保護(hù)了祖國(guó)的文物，也捍衛(wèi)了中國(guó)人民的利益。沿途所發(fā)生的事均記于他后來(lái)的個(gè)人日記《西行日記》中。

　　是1925年2月16日離開(kāi)北京的，5月19日到達(dá)敦煌，在和縣政府接洽的過(guò)程中被拒絕了考察千佛洞的要求，因?yàn)槿A爾納第一次的破壞行為已使當(dāng)?shù)乩习傩帐謿鈶崳麄円蚕蛲醯朗控?zé)問(wèn)此事，并使得王道士不得不靠裝瘋賣傻地過(guò)日子。經(jīng)過(guò)一翻商討，最后給考察團(tuán)一系限制與規(guī)定：

　　1、考察團(tuán)成員不準(zhǔn)住宿千佛洞;

　　2、考察團(tuán)的成員參觀千佛洞要由當(dāng)?shù)嘏沙龅娜吮O(jiān)視，并必須當(dāng)日返回縣城;

　　3、不準(zhǔn)破壞壁畫(huà)及其它一切文物。

　　不僅如此，當(dāng)?shù)乩习傩战M織了一隊(duì)人專門監(jiān)視考察團(tuán)的行動(dòng)，時(shí)時(shí)有發(fā)生武力的可能性，在如此嚴(yán)密的監(jiān)視下，考察團(tuán)一行也不得不草草結(jié)束考察活動(dòng)，只活動(dòng)了3天便于5月23日離開(kāi)敦煌。之后又去了安西榆林窟，在那里偷拍了一些照片，1938年發(fā)表專著《萬(wàn)佛峽一所九世紀(jì)石窟佛教壁畫(huà)研究》。

　　當(dāng)時(shí)由于全國(guó)各地爆發(fā)了反帝愛(ài)國(guó)運(yùn)動(dòng)“五卅”運(yùn)動(dòng)，北京大學(xué)最終決定不與哈佛大學(xué)合作，并電令陳萬(wàn)里與考察團(tuán)決裂，提前返校。美國(guó)一方也考慮到中國(guó)國(guó)內(nèi)的形勢(shì)，電報(bào)要求華爾納一行結(jié)束活動(dòng)回國(guó)，于是華樂(lè)納不得不解散考察團(tuán)，中止考察活動(dòng)，于同年8月返回哈佛大學(xué)。