與皇太極相比，崇禎帝的表現要差多了。各路兵馬的敗報頻繁傳來，令崇禎帝又急又恨，而更多的是無奈。他一度竟躺倒不干了。他不理朝政，不見群臣，急得大臣們直跺腳，順天府尹劉宗周上疏勸說道：“國勢強弱，視人心安危。乞陛下出御皇極門，延見百僚，明言宗廟山陵在此，固守外無他計。”劉宗周說得很對。在這種時候，你做皇帝的一舉一動，對人心士氣影響很大，只能鼓氣，絕不能泄氣。這位劉宗周，也是犟脾氣，他從清晨把奏疏呈上去后，就跪在宮門外，等候崇禎帝的答復，一直跪到太陽落山，崇禎答應召見群臣后才站起來。
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戰局的每況愈下，又令朝中的黨爭激烈起來。
袁崇煥被逮捕后，便有人跳出來挖他的后臺。有兩位御史，一姓高，一姓史，率先跳了出來，攻擊閣臣錢龍錫。這兩位御史，本是閹黨，在被起用時，錢龍錫曾竭力反對。因此他們便用袁崇煥之事來攻擊錢龍錫，說袁崇煥斬殺毛文龍，與后金議和諸事，都是錢龍錫幕后指使，要求皇帝治其罪。雙方吵得不可開交。最后錢龍錫稱病辭職。
由于錢龍錫辭職，崇禎帝便命禮部右侍郎周延儒任禮部尚書兼東閣大學士，入直文淵閣。不久再命何如寵、錢象坤并為禮部尚書兼東閣大學士，入直文淵閣，兩人開始不干，崇禎帝嚴令立即入閣辦事。周延儒從此得勢。
到崇禎三年(1630)正月，有一位靠捐資升官的中書舍人加尚寶司卿的原抱奇，跳出來攻擊首輔韓，說韓屬無能之輩，又是袁崇煥的座主，請求皇帝罷免他。韓的門生、左庶子丁進和、工部主事李逢申也反戈一擊，攻擊韓。韓感到心寒，再三要求辭職，崇禎帝最終同意。
韓素以穩重老成、辦事干練著稱。由他任首輔，文官系統尚能維持。而崇禎帝放他一走，朝政便急劇惡化，正人君子一個個不安其位了。
二月，都察院左都御史曹于汴，被迫辭職。
三月，首輔李標即任不到兩個月，也辭職歸里。
與此同時，周延儒逐步把持朝政。此年六月，溫體仁與吳宗達一起被任命為禮部尚書兼東閣大學士，參預機務。溫體仁因誣陷錢謙益，引起不少人的厭惡，朝臣紛紛上書揭發他的丑事。然而，攻擊越多，崇禎帝反而覺得溫體仁沒有結黨營私，值得信任，再加上周延儒幫他敲邊鼓，最終得于入閣。溫體仁一入閣，事情就更糟糕了。袁崇煥當然也就在劫難逃了。當后金外患漸漸平息時，陜西的內亂已十分猖獗了。焦頭爛額的崇禎帝窮于應付，登基時的那個中興夢想已完全破滅。這個責任到底要由誰來負?他自己當然不會去承擔這個責任。他從來不認為自己有什么失誤之處，局面之所以弄到這種地步，還不全是那些大臣的錯。他又想到了袁崇煥!一個現成的替罪羊。
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攻擊袁崇煥、錢龍錫的官員，仍不乏其人。那位首先對錢龍錫發難的史御史，此時又有了新的發現。他上疏說袁崇煥與錢龍錫之間還有更可怕的陰謀。除重彈錢龍錫是袁崇煥的幕后主使這一老調外，他還列舉出新的罪證，說錢龍錫辭職離京前，曾把袁崇煥贈送給他的數萬賄賂，轉寄姻家，巧為斡旋等等。據說溫體仁、王永光等人，甚至還想借袁崇煥之事，做一個逆案，把錢龍錫等異己一網打盡。只不過因兵部尚書梁廷棟膽小，不敢出頭而罷。
這些新的罪證，對崇禎帝無異于火上加油。他下令以最嚴酷的方式來處死袁崇煥。此年八月十六日，崇禎帝來到暖閣，召見閣臣成基命等人。然后再到平臺，召見文武大臣。崇禎帝對大臣們說：
“袁崇煥付托不效，專事欺隱。市粟謀款，縱敵不戰，遣散援兵，潛攜喇嘛僧入城，卿等已知之。今法案罪案云何?”
這種事情，哪個肯亂說話，文武大臣只是頓首唯命。其實，崇禎帝也用不著大臣們發言，他早已成竹在胸。于是他接著說：
“依律磔之。家屬歲十六以上斬，十五歲以下給功臣家為奴。今特流其妻、子、兄、弟，余不問。”
崇禎帝似乎覺得自己很寬容，只磔袁崇煥一人，充軍其妻子兄弟，而沒有像《大明律》規定的那樣，滿門抄斬。群臣們一聽，連忙叩頭感謝皇帝的寬大仁慈。崇禎帝又問諸臣：
“更何言?”
大臣們一聽，連忙說：
“其罪不宥。”
意思是說皇帝實在是寬容得不能再
寬容了，袁崇煥罪大惡極，絕無饒恕之余地。于是，崇禎帝下達了正式的圣諭，公布袁崇煥之滔天罪行：
“袁崇煥謀叛欺君，結奸蠹國。斬帥以踐虜約，市米以資盜糧。既用束酋，陽導入犯，復散援師，明擬長驅，及戎馬在效，頓兵觀望，暗藏夷使，堅請入城，意欲何為?致廟社震驚，生靈涂炭，神人共忿。”
于是，刑部侍郎涂國鼎被任命為監決官，在西市設刑場磔袁崇煥。
這磔刑是最慘酷的死刑，俗稱“殺千刀”、“活剮”。就是用鋒利的刀刃一刀一刀把活人身上的皮肉削下來，多達數千刀，受刑之人要承受長時間的煎熬，才慢慢死去。
袁崇煥就這樣被一刀一刀地活剮。當時的京師城內，對袁崇煥已是恨之入骨。試想，當百姓在得知身為遼東最高統帥的袁崇煥，竟是通敵的叛徒后，是何等的心情!因此，在袁崇煥行刑時，城中百姓蜂擁而至，都要親眼看看這令人解恨的場面。于是，一塊塊手指大小的血淋淋的皮肉，從袁崇煥身上剛被劊子手削下，轉眼就以一文錢一塊的價錢，賣到了百姓手中。買到肉的百姓，看著袁崇煥血淋淋的身軀，聽著袁崇煥痛苦萬分的呻吟、嘶叫，在用最惡毒的言辭詛咒完袁崇煥以后，再吞下那塊血淋淋的皮肉。這場面真是大快人心!
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百姓的眼睛是雪亮的嗎?未必!試想當初袁崇煥赴任遼東時，京師的百姓是何等感激!感激袁崇煥受命于危難之中，保家衛國。然而在短短的兩年之后，他們又以能生吞袁崇煥一塊皮肉為快事。兩年之隔，竟是天壤之別!
至此，遼東前線最能干的兩位統帥，即熊廷弼和袁崇煥，一個被梟首，另一個則被活剮，皮被剝，肉被啖，血被飲。兩人的家族，也跟著受罪。熊廷弼為官清廉，卻背上個納賄貪污的惡名，讓本不富裕的家族在他死后還要為他退賠那莫須有的贓款，吃足了苦頭。袁崇煥的家族更是不幸。在袁崇煥被磔之后，其妻、子、兄、弟都跟著倒霉，被流放3000里之外，卻還要感謝崇禎帝的格外開恩。細想起來，在明末這個奇怪的時代，凡是有所作為的，幾乎都沒有什么好下場。
袁崇煥死后，崇禎帝也沒有放過錢龍錫。當時廷臣根據那位史御史提供的罪證，定錢龍錫“大辟，決不待時”，意思就是斬立決，并設廠于西市以待。不過崇禎帝思前想后，總覺得錢龍錫沒有逆謀的跡象，所以，最終還是手下留情，沒有立斬。正巧有一位名叫黃道周的官員，覺得錢龍錫實在冤枉，便上疏申救。當時沒有人敢為袁崇煥喊冤，因為誰幫他說話，誰就有同謀之嫌。而錢龍錫的問題卻是可大可小的。所以黃道周上疏之后，盡管崇禎帝以忤旨之罪把黃道周降級外調，但心里還是很受感動，覺得在這種時候黃道周仍敢站出來為錢講話，不容易!或許正是黃道周一疏，打動了崇禎帝。崇禎帝不久便改變了主意，免錢龍錫死罪，戍定海衛。
錢龍錫能從崇禎帝手中撿回一條命，實在難得!
崇禎帝登基以后的幾年中，遼東的局勢不僅沒有好轉，反而越弄越糟。這原本是一場局部邊疆戰爭，至此戰火竟燒到了京師城下。朝廷原先對付的，只不過是一個藩屬，而正是這個原先低聲下氣、稱臣納貢的藩屬，竟強大到把一向居高臨下的天朝打得落花流水。
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天朝的顏面何在!小小的后金何以能不把堂堂天朝放在眼里?
這是當時不少人共同思考的問題。崇禎帝自然也思考過這一問題。他把罪責都推到了袁崇煥身上，說是袁崇煥誤國，把事情搞糟了，于是，袁崇煥寸磔而死便是不可避免了。
不過，袁崇煥被處死之后，遼東的局勢不僅沒有好轉，反而一步步惡化下去。