陳修園著作很多，坊本有題名二十三種、三十二種、四十八種、五十種、七十二種的說法，多為開蒙普及讀物，有《傷寒論淺注》、《長沙方歌括》、《金匱要略淺注》、《金匱方歌括》、《靈素節要淺注》、《傷寒醫訣篡解》、《神農本草經讀》、《醫學三字經》、《醫學實在易》、《醫學從眾錄》、《女科要旨》、《時方妙用》、《時方歌括》、《景岳新方砭》、《傷寒真淺注》，因此影響較大。

在學術觀點上陳修園是典型的尊經崇古派。后世所編《陳修園醫書》中不少是托名作品。

　　陳氏“勸讀十則”，根源于清，流承至今，所論內容豐富，見解明確實用，古今皆宜。此乃啟迪深思，備受人用，醫術醫德醫患，收益久遠矣。

　　解放前，雖然各地設立了一些私立中醫學校，但能人學人數不多，可是讀陳修園書而當醫生的甚多。中國當代的一些著名老中醫，也有不少是從陳修園的書開始學醫的。由于陳修園的書暢銷各地，買的人很多，書商為謀取厚利，以假亂真，把其他醫家的書也印上他的標簽，故有陳修園醫書三十二種、四十八種、五十種、七十二種之說。

　　陳修園是遵經派，明白《黃帝內經》的重要性：“夫醫家之于內經，猶儒家之于四書也。日月江河，萬古不廢”。在醫學教育方面，陳修園特別強調啟蒙教育的重要定向作用：“醫學之始，未定先授何書，如大海茫茫，錯認半字羅經，便入牛鬼蛇神之域”，“入門正則始終皆正;入門錯則始終皆錯”。因此，《南雅堂醫書全集》具有以《黃帝內經》、《神農本草經》為基礎，以《傷寒論》、《金匱要略》為中心，博采眾家之所長的整體結構。這套書內容比較完備，包括了經典的基礎理論，診斷、方劑、藥物和各種病癥的治療;寫法上深入淺出，又多從臨證需要出發，切合實用;文字清新流暢、淺顯通俗，且多賦以韻腳，或作成歌括，易讀易記。因此這套書利于自學，是中醫普及教育的理想教材。無怪其問世以來便廣為流傳，近兩百年中好評經久不衰，對中醫教育的普及起到了很大的推動作用。

　　《南雅堂醫書全集》的巨大成功，除了上述的內容、寫法和文字的因素外，還有一個重要的、甚至可能是最重要的因素，那就是作者濟世救人的誠心和著書的態度。如前所述，作者的好幾本書都是由于自己在大面積救治病人時，痛心于庸醫誤人的現狀而起心撰寫的。而作者對于寫書的嚴肅態度和無私奉獻的精神也使人感動并堪作后學的楷模。

　　據陳修園的兒子陳元犀說，他父親病危時十多天水米未沾，他已經為父親準備了后事。中秋那天半夜過后，他父親又稍微清醒些了，每天早晚可進一茶杯的水或食物。于是就對他說：我這幾年所寫的書還不完備，比如霍亂、吐瀉兩條也須重新補寫，應該采用張仲景的理中湯和孫思邈的治中湯，“以正群言之失，亦以見古人立法之純”。他把自己在人間的最后光陰，都投入到自己留給后人的書上，其誠可感、精神可嘉。

　　《南雅堂醫書全集》是在同治四年(1865年)首刻刊行的，接著就有二、三十家書商翻印。在不斷翻印的過程中，書商們就逐漸加入他人的醫書，混雜其中，于是從《陳修園醫書十六種》變成了二十多種、三十多種、…最后多至七十二種!在加入的醫書中，有的是名家的著作，比如王孟英的《霍亂論》和竹梅居士的《急救經驗良方》，有許多是無名氏的著作。這個現象從一個角度證明了《南雅堂醫書全集》在當時流傳之廣。不但學醫的人爭購，連許多不學醫的人也要買一套放在家里，作為保健常識書來翻閱。

　　到了清代，歷代中醫典籍已經汗牛充棟，授徒的中醫們各自憑自己的經驗和理解選擇授徒的課本，官方并無統一的教材。乾隆四年(1739年)，一批醫家在乾隆皇帝的御召下用三年的時間編撰成了《醫宗金鑒》。這是一套大型的醫學叢書，共有48冊，內容包括基礎理論和各科的疾病治療方法。這套書平正樸實，強調基礎和應用，是官方出版的醫學教材，也是皇家的太醫院醫學考試的標準參考書。這套書出版時(1742年)，陳修園還沒有出生。因此，陳修園的《南雅堂醫書全集》是在《醫宗金鑒》這樣一套權威著作的對比中脫穎而出、成為中醫歷史上最有影響力的個人專著的。