崇德八年(1643)八月初九，皇太極逝世，滿洲親貴在帝位繼承上出現矛盾。皇太極長子肅親王豪格與皇太極之弟多爾袞爭立。皇太極生前統領的正黃旗與鑲黃旗擁立豪格，而多爾袞自領的正白旗與鑲白旗則擁立多爾袞。雙方爭持不下，形勢極其嚴峻。

鑲黃旗護軍統領鰲拜手握重兵，成為這場皇位之爭中的核心人物之一。他與兩黃旗的其他大臣索尼、譚泰等八人會集于豪格府邸，“共立盟誓，愿死生一處”，密謀擁立肅親王為帝。鑒于當時緊張的局面，鰲拜等嚴加戒備，密令兵丁守衛門禁，以防不測。

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八月十四日，代善于崇政殿召集會議討論繼承人選。鰲拜于當天清晨與兩黃旗大臣盟誓于大清門，堅決擁立先帝(皇太極)之子，并命兩旗精銳護軍全副武裝環衛崇政殿，作好了不惜兵戎相見的準備。當會議之中爭論不休時，鰲拜與效忠于皇太極的一批將領紛紛離座，按劍而前，齊聲說道：“我們這些臣子，吃的是先帝的飯，穿的是先帝的衣，先帝對我們的養育之恩有如天高海深。如果不立先帝之子，我們寧可從死先帝于地下!”實際上是以武力威脅多爾袞不得覬覦帝位。在這種形勢下，多爾袞不得不作出讓步，提出擁立皇太極第九子、6歲的福臨繼位，由自己和鄭親王濟爾哈朗一同輔政。這一折衷方案最終為雙方所接受。福臨即位，改明年為順治元年。

多爾袞攝政之后，黨同伐異，擅權自重。他首先打擊的就是他的爭位對手豪格及其擁護者。鰲拜本是豪格的堅定擁護者，又不阿附多爾袞，也遭到殘酷打擊。在多爾袞攝政期間，鰲拜受到的大迫害主要有三次。?

第一次發生在順治初年。順治元年，鰲拜隨英親王阿濟格征討退守陜西的李自成大順軍，立有大功。順治二年八月，阿濟格因為沒有及時奉旨班師，而且謊報戰功，受到處罰。阿濟格是順治帝的叔父，為人粗暴，藐視小皇帝，私下呼為“孺子”。清廷諭令正黃旗固山額真譚泰會同護軍統領鰲拜召集部眾，將阿濟格“稱上為孺子”之語傳示曉諭。譚泰顧及英親王情面，沒有照辦。鰲拜也因聽從了譚泰之言未奉行諭旨，結果不僅征討李自成的軍功不準議敘，還被罰銀100兩。后來譚泰又與索尼相仇，互相攻擊，鰲拜因庇護索尼再次獲罪，幾被革職。

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第二次發生在順治五年(1648)。當年二月，征討張獻忠大西軍的豪格大軍凱旋回京。參領希爾良因冒功邀賞一事遭到處罰，鰲拜也以勘察不實而被議處“應革職，罰銀一百兩”。三月，貝子屯齊告發鄭親王濟爾哈朗當年擁立肅親王豪格、后又包庇豪格的種種罪狀。鰲拜諸人謀立肅親王之事也被同時告發。多爾袞借此事興起大獄，嚴訊諸人。最后，鰲拜以欲立豪格、與諸人盟誓等罪名論死，得旨“罰鍰(huán)自贖”。四月，侍衛廓步梭又告發鰲拜在皇太極死時“擅發兵丁守門”，再次論死，改革職為民，得旨免革職。鰲拜雖以大功凱旋，在短短數月間卻被論死兩次，可見其所受打擊之嚴酷、境遇之窘迫。?

鰲拜所受的第三次打擊是在順治七年(1650)。這年七月，多爾袞生病，暗示貝子錫翰，想請順治帝親臨探視自己，錫翰遂秉承其意“請駕臨幸”，多爾袞卻又以“違令瀆請”罪之，并追究鰲拜包庇之罪，論死，后改免死罰贖、降爵。是年十一月，多爾袞死，順治親政。

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順治親政后，聞知鰲拜、索尼等人曾經盟誓“一心為主，生死與共”，忠心耿耿，遂對鰲拜極為敬重，視為心腹重臣。從此以后，鰲拜隨侍順治身邊，直接參與管理國家各類事務，如商討本章批復程序、聯絡蒙古科爾沁部、協和太后與皇帝之間的關系、祭奠過世王公妃嬪、協助會審案獄，并倡議“大閱以講武”，自教武進士騎射，等等。順治十三年(1656)，鰲拜舊傷復發，臥床不起，順治親臨鰲拜府邸去看望慰問。順治十四年(1657)冬，孝莊文皇后(即皇太極妻博爾濟吉特氏)病重，順治朝夕侍侯。鰲拜也晝夜于宮中侍候，都顧不上自己休息吃飯，深獲順治帝的贊賞。