圣克魯斯于1588年2月9日在里斯本猝死，持續了62年。圣克魯斯是勒班陀海戰的英雄，從葡萄牙人手中奪回大西洋沖向亞速爾群島的特塞拉海戰的勝利者，以及著名的無敵艦隊總司令。西班牙國民對他的壞消息感到驚訝，并表示深深的哀悼和哀嘆。圣克魯斯死后，腓力二世立即任命安達盧西亞地方總督，比圣克魯斯年輕24歲、38歲的西多尼亞接任無敵艦隊總司令。西多尼亞出身名門貴族，是一位德高望重的優秀行政長官，多次出色地完成了為無敵艦隊補充物資和征兵的任務。

　　西多尼亞長途跋涉來到里斯本。他所面臨的俄羅斯現實是令人難以置信和驚人的混亂。自圣克魯斯暴卒以來，里斯本港艦隊的管理完全處于無政府狀態，缺乏權威、自信和能夠解決這種混亂的領導者。因此，扭轉這種混亂，使準備工作步入正軌，是西多尼亞必須解決的緊急問題。然后他用了幾個私人工作人員。其中一名是卡斯蒂利亞加里昂艦隊司令迪戈，他護送東印度航線·弗洛雷斯·德·瓦爾德斯，潮汐和海流方面的專家，曾經參與過加里昂船的設計，是一個非常有才華的人物。此外，迪戈還被任命為船員，經驗豐富，德高望重。·德·馬爾多納多和馬羅林·德胡安兩人是參謀。從重炮兵指揮官中借用意大利炮術專家擔任炮術參謀。西多尼亞和三個可靠的助手一起克服了許多困難，使艦隊的起航準備工作順利進行。

　　過去，以地中海為舞臺的西班牙艦隊主要是加里船之間的肉搏戰。因此，西班牙艦隊的艦載大炮比英格蘭艦隊要落后得多。為此，圣克魯斯寫信給國王，強調準備大炮的必要性。此外，軍事會議還要求國王籌集大炮資金。最后，這一要求得到了腓力二世的批準。

　　鑄造大炮在當時是一項非常困難和復雜的技術，大多數優秀的鑄造工匠都在英格蘭。與此同時，大炮的價格也很高，尤其是作為炮身材料比鑄鐵好得多的青銅，更有價值，能制造長炮身的卡巴林炮的設備也很少。因此，盡管由于西多尼亞的努力，無敵艦隊艦載大炮的質量和數量都得到了極大的加強和提高，但遠程大炮的缺乏仍然是無敵艦隊最大的弱點。為了加強主力艦加里昂船的備用炮，我們不得不采取權宜之計，在其他艦船上犧牲備用炮。

　　另一方面，加入艦隊的各種艦船數量也顯著增加。到1588年4月底，已有130艘船只被納入無敵艦隊。

　　到達里斯本的船只正忙于維修和維護。幾乎所有無敵艦隊的乘員都裝備了盔甲、長矛和火槍。炮彈的補充也相對順利。每個炮彈配備50枚炮彈。當然，這個數字并不多，但它已經大大超過了圣克魯斯最初要求的30枚炮彈。同時，根據意大利炮術專家的建議，它是原來的兩倍半。

　　西多尼亞成功地說服了腓力二世推遲出發日期，以加強和維護艦隊 因此，時間越來越受到艦隊內部的信任。然而，無論他多么努力，他仍然無法解決食物和船員短缺非常嚴重的問題。這個問題沒有得到改善，而且越來越糟。雖然存在各種缺陷和困難，但我們不能忽視腓力二世反復發布的起航令。

　　1588年4月25日，西多尼亞陪同腓力二世代理總督來到里斯本大教堂。大主教宣讀了祈禱文，祈禱無敵艦隊一舉成功。